Заметил, что одни CD при проигрывании классно звучат через цифру (коаксиал) и отвратительно через аналоговое соединение,а другие - с точностью наооборот (глухо и тихо через цифру и звонко, с крутыми басами по аналогу). Приходится постоянно проверять как лучше. Можно ли это как-то объяснить?

Единственное, что приходит на ум, это то, что у Вас могут быть HDCD. А декодер HDCD есть только в плеере. По-этому HDCD лучше играют по аналогу, чем по цифре. По цифре HD составляющая ресивером не декодируется и получается даже не 16 бит, а 14. Других объяснений на ум не приходит.
Проверять наличием надписи HDCD на коробочке и диске.

Да, возможно. Я вот думаю, может ещё такое звучание зависит от качества носителя или от качества записи?

Меняться в одну или другую сторону в зависимости от качества носителя или от качества записи не может, поскольку оно (качество носителя и качество записи) одно и то же при обеих коммутациях.